水環境生態系統不完善、水生植物水生動物系統薄弱等問題則進一步加劇了該問題。多數河流湖泊由于生態系統的不健全造成水體自凈能力不足，抗污染負荷能力弱，因此一定時間后引發了一系列的環境問題進而影響水質。

水生態系統構建是指通過利用微生態系統修復技術，對水體中污染物進行轉移、轉化及降解，從而使水體得到凈化，創造適宜多種生物生息繁衍的環境，重建并恢復水生生態系統。首先通過調節水體微生態系統，刺激和加速土著微生物迅速繁殖，激發土著微生物的活性，對水體內微生態系統進行人為干預引導。其次在水體主要水質指標提升到一定的范圍，并且水體的微生態菌群達到相對穩定的時候，水體的水質保持除了需要日常的生物維護以外，還需要采用生態措施進一步恢復水體的生態系統，以確保水體的水質能夠長期維持，并且能夠逐步提升水體的自凈能力，從而達到水體生態多樣性的進一步恢復。

水生態系統構建以“控源截污、內源治理、生態修復”為核心技術路線，對水環境進行綜合整治，打造健康水生態系統。

1、控源截污

針對不同河道情況提出專業的截除方案。
針對沒有接入市政管網的污水，短時間內無法截除，只能排入河道，則使用特有的一體化污水處理設備來解決。

2、內源治理
針對不同的河道底泥情況，清除底泥的方法主要有物理清淤和生態清淤。
物理清淤主要是使用挖機、吸泥船等物理設備將底泥移除。
生態清淤主要是進行原位治理，利用生物制劑降低底泥中的有機質含量及含水率。

3、生態修復
主要通過微生態系統的修復技術、水生動植物（納污生態浮島、沉水植被、人工濕地等）、曝氣增氧等技術綜合治理來削減水體的污染負荷、恢復健康的水生態系統和水體自凈能力。水體完整的生態系統建立后再對其進行后期運營維護，從而達到長治久清的目的。